穴盘的颜色也影响着植株根部的温度。一般冬春季选择黑色穴盘，因为可以吸收更多的太阳能，使根部温度增加。而夏季或初秋，就要改为银灰色的穴盘，以反射较多的光线，避免根部温度过高。而白色穴盘一般透光率较高，会影响根系生长，育苗盘规格，所以很少选择白色穴盘。当然白色的泡沫穴盘可以例外。
经过清洗并消毒的穴盘，亦可以重复使用，推荐使用较为安全的季铵盐类消毒剂，也可以用于灌溉系统的杀菌除藻，避免其中细菌和青苔滋生。不建议用漂或进行消毒，因为氯会同穴盘中的塑料发生化学反应产生有毒的物质。
育苗盘
比如遇到以下状况，水只到穴孔一半比较合适：
1、天气由晴转阴、转冷，或者温室内湿度特别高。水分蒸发较慢，蒸腾作用较低，穴盘不易变干。
2、穴孔下半部仍旧有一定湿度。
3、第二天需要对幼苗进行施肥。
利用穴盘可集中育苗、统一管理，西红柿育苗盘，育苗时期不受环境限制，既可大批量育苗，又可节省劳力。
苗盘入床：将已播种的育苗盘铺放在苗床中，及时用清水将苗盘浇透，浇水时喷洒要轻而匀，防止将孔的基质和种子冲出，然后在苗床上平铺覆盖一层地膜，以防止育苗盘内水分散失。在覆盖地膜时，需在育苗盘上安放一些小竹条，使薄膜与育苗盘之间留有空隙而不粘结
便于规范化操作。可以采用机器播种，适宜工厂化大量育苗，省工、省力、，我国目前工厂化育苗都采用穴盘。
有效地遏制了土壤病害的蔓延。由于播种时1穴1粒，分苗时1穴1株，芽菜育苗盘，互相间被隔开，土壤病害不能蔓延。
移入较大的容器或苗床里培育大的秧苗时不缓苗，成苗率高。直接用穴盘苗定植，只要露地气候条件不十分恶劣，缓苗期短。
运输方便。在运输车里穴盘可以立体多层摆放，非常适宜远距离运输。从播种室运到成苗室，或把穴盘苗从高温处移到低温处、从相对弱光处移到强光处，育苗盘，或从育苗室运到耕地里定植都很方便。
培育生长量较小的苗用穴盘，培育生长量较大的苗用育苗钵或在苗床开沟培育。穴盘苗小，抗性弱，大地条件恶劣的好不用穴盘苗。
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